Среди основных нововведений, доступных в MySQL 5.1, можно отметить: реализацию планировщика задач, модифицированный API для создания плагинов, поддержку разбиения таблиц (partitioning) и репликацию по записям (row-based replication). Расширен функционал по работе с XML, в том числе добавлена поддержка XPath.

Начиная с этого релиза, функционал MySQL Cluster выделен в отдельный продукт.